如果把被污染的樣品直接注入色譜柱，雜質等有害物質在色譜柱中吸附，會使色譜柱損壞。為了防止這種情況，樣品需要經(jīng)過過濾器過濾后再注入色譜柱。但是過濾器有時不能完全的過濾有害物質，如果要完全除去有害成分的話手續(xù)非常繁瑣。所以，即使樣品經(jīng)過過濾器過濾后再注入色譜柱，也有可能會因殘留的有害成分而導致色譜柱損壞。
這種場合使用的色譜柱稱為保護柱。保護柱是和正常色譜柱填充同樣的填料的迷你色譜柱（尺寸小）。在注射器和正常色譜柱中放置保護柱，樣品中的有害成分就會從保護柱的上部開始累積，在保護柱全部被污染之前更換保護柱的話，正常的色譜柱就不會被污染。
保護色譜柱的價格，通常是對應正常色譜柱的10分之1~3分之1，很好的利用色譜保護柱能延長正常色譜柱的使用壽命，是非常經(jīng)濟有效的措施。
然而，對于本身就比較便宜的色譜柱，和正常色譜柱相比保護柱的價格就相對變高了，這樣的色譜柱也可以不使用保護柱。另外，硅膠柱的壽命本身就非常短，使用保護柱也沒什么意義。反過來說，對于需要延長使用壽命的聚合物基質色譜柱，使用保護柱是非常有效果的。

恒譜生C18保護柱可以截留那些導致色譜柱篩板堵塞、柱頭塌陷和柱效下降的化學物質和微顆粒物。液相色譜柱預柱將那些強保留的、不可逆吸附的化合物截留下來，但是其 2μm的篩板卻不足以去除微顆粒物。樣品和流動相的過濾可以維護保護柱對化學污染物的吸附容量，能夠更長時間的維護柱效，為液相色譜柱提供方便、經(jīng)濟和有效的保護，延長了色譜柱的壽命，保證分析結果的重現(xiàn)性。

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